Aleksander Stępkowski ponoć naraził się Witoldowi Waszczykowskiemu. Głównie tym, że skierował do Komisji Weneckiej prośbę o zbadanie sprawy Trybunału Konstytucyjnego.
Jak donosi „Gazeta Wyborcza”, szef MSZ wysłał do Beaty Szydło wniosek o odwołanie wiceministra, który popadł w niełaskę. Chodzi głównie o zwrócenie się Stępkowskiego do Komisji Weneckiej. Trzeba przyznać, że narobiło to nowej władzy nieco kłopotów. Ciągnące się od kilku już miesięcy upomnienia, wizyty, oświadczenia i groźby sankcji – nie o to chodziło. Trybunał miał zostać zreformowany według wizji Prawa i Sprawiedliwości, a temat dawno byłby już zamknięty, gdyby nie niefortunna inicjatywa wiceszefa MSZ.
Pamiętać należy również o tym, że Stępkowski był szefem Ordo Iuris. Mocno angażował się w stworzenie projektu ustawy całkowicie zakazującej aborcji. Dziennikarze „GW” sugerują, że to również było kością niezgody. Politycy partii Jarosława Kaczyńskiego mieli próbować wpływać na Stępkowskiego, aby nie naciskał na złożenie projektu w Sejmie. Ten jednak był nieprzejednany. PiS, wiedząc, że ustawa ta spotka się z równie wielkim oburzeniem, jak entuzjazmem, nie forsowało tak radykalnych rozwiązań.
Nieoficjalnie mówi się o tym, że po odwołaniu z funkcji, przez jakiś czas Stępkowski miałby pozostawać w MSZ, aby doprowadzić do końca „kłopotliwe” postępowanie z Komisją Wenecką. Do tej pory w ministerstwie odpowiadał za sprawy prawne, traktatowe oraz związane z przestrzeganiem praw człowieka.