Po blisko 12 latach więzienia Nikola Sainović wrócił do Belgradu. Były wicepremier Jugosławii został zwolniony po odbyciu dwóch trzecich kary z zasądzonych 18 lat pozbawienia wolności. Międzynarodowy Trybunał w Hadze oskarżył go o zbrodnie wojenne w Kosowie.
Sainović był bliskim współpracownikiem Slobodana Miloszevicia. Ostatnią część kary odbywał w Szwecji.
Międzynarodowy Trybunał Karny oskarżył go w maju 1999 roku o współudział w rozpowszechnianiu terroru i przemoc wobec albańskiej ludności Kosowa. Sainovic był również członkiem delegacji Serbii i Jugosławii reprezentującej ówczesnego prezydenta Serbii Milana Milutinovicia w rozmowach pokojowych w Rambouillet w lutym 1999 roku.
Gdy Zgromadzenie Narodowe Jugosławii uchwaliło ustawę, która pozwalała na wydanie swoich obywateli do trybunału w Hadze, Sainović za pośrednictwem swoich prawników skontaktował się z władzami kraju, by omówić szczegóły zgłoszenia się do MTK. W rezultacie przebywał w więzieniu od 2 maja 2003 roku. Jego proces zakończył się dopiero w lutym 2009 roku. Sainović został skazany na 22 lata więzienia. Zarzuty dotyczyły zbrodni przeciwko ludzkości, zbrodni wojennych, prześladowań i przymusowych deportacji. W styczniu MTK zamienił jednak wyrok z 22 na 18 lat pozbawienia wolności. Na lotnisku oprócz rodziny witali go również członkowie Socjalistycznej Partii Serbii.